วันที่ ๒๐-๒๔ มีนาคม ๒๕๖๘ โรงเรียนเนกขัมวิทยา ได้ดำเนินการรับสมัครนักเรียน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔ ประเภทนักเรียนห้องเรียนปกติ และห้องเรียนบวรสร้างโอกาส อีกทั้ง ทางโรงเรียนได้มีบริการรับสมัครนักเรียนที่ไม่สะดวกมาสมัครด้วยตนเอง ณ โรงเรียนวัดใหม่สี่หมื่น และบ้านของนักเรียนเอง ทั้งนี้ โรงเรียนเนกขัมวิทยาได้ดำเนินการตามนโยบายและเเนวทางปฏิบัติเกี่ยวกับการรับนักเรียนของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานอย่างเคร่งครัด